在第二部中，展示了苏联军队这对德国的芭芭伦萨计划，是怎么样开展阻击，以迟滞德军向莫斯科的进军的。
在影片这一部分中，生动的演绎了布列斯特堡垒的坚守以及对战局的意义，演绎了明斯克战役的失败，在这一战役中，苏军西方面军被合围，损失超过了五十万人，是苏军二战历史上最惨重的失败。战后西方面军司令员，参谋长以及西方面军四集团军司令等被枪毙。
而之后苏德双方在莫斯科的门户斯摩棱斯克的争夺上展开了激烈的较量，这一战德国虽然俘虏苏联红军40多万人，但自身损失也非常惨重，转入修整，从而丧失了进攻莫斯科的最佳时机。
而最惨烈的要数基辅保卫战，德军在拿下斯摩棱斯克后没有立即向莫斯科发动进攻，德军将古德里安的装甲军团调往基辅，参与基辅战役。
基辅战役，苏军西南方面军团死守基辅，最终遭到德军的包围，最终70多万大军突出重围的只有2万多人，基辅战役成为历史上最大的围歼战，苏军为保卫基辅付出了血的代价，但也为莫斯科保卫战赢得了一个多月的时间。
布列斯特位于白俄罗斯和波兰交界的布格河东岸，德国入侵苏联，第一关就是拿下布列斯特要塞。
但要塞的官兵奋勇抵抗，直到战到最后一人，将德军45师迟滞在了布列斯特要塞，整整加持了29天，从而对整个战局都产生了积极意义。
德军芭芭伦萨计划就是要通过机械化师的大范围机动，对苏联的西部的有生力量进行大规模的包围和歼灭，如果能将苏军主力全歼在西部，那么后面苏联可能会放弃抵抗，从而跟法国一样投降。
所以战役开始，德国就采取了大范围的机动穿插和包围，将苏联的西方面军包围在了目前白俄罗斯境内的明斯克区域。最终苏联西方面军近乎全军覆灭。
杜布诺战役是发生在德国向苏联西南方面军进攻，力图全歼西南方面军，进军基辅的战役。
在影片中，生动的展现了苏联第八机械化师接受命令，向德军发动坦克奇袭的战役。
在这段影片中，苏联第八机械化师仅仅剩下60辆坦克，在缺乏油料和弹药的情况下，向德军发动了坦克突袭。
苏联明斯克失守后，德军目标指向莫斯科的门户斯摩棱斯克，而要想要拿下斯摩棱斯克，明斯克东部的白俄罗斯最后一条防线上的莫吉廖夫就变得很重要。
莫吉廖夫保卫战依旧无法延缓德军的战略企图，德军后续部队强渡第聂伯河，进军斯摩棱斯克。
面对德军凌厉的进攻，彼得罗夫斯基发现敌人坦克和步兵没有协同，于是建议苏军渡河去打击德国步兵。
第63军夜渡第聂伯河，突出了包围，同时占领了罗加乔夫和日洛宾。此举牵制了德军的大部分力量，也让包围圈中的苏联大部分军队得以突围。
德军和苏军在斯摩棱斯克展开了拉锯作战，苏军的顽强抵抗有效的延缓了德军向莫斯科进军的速度。
而斯大林明确反对放弃基辅，最终解除了朱可夫总参谋长的职务，任命朱可夫为预备队总方面军司令员，让朱可夫去叶利尼亚组织反击作战。
而这时德国也在总结第一阶段的战争得失，第一阶段苏联的顽强抵抗导致德军的闪击战已经破灭了
所以希特勒决定调整战略部署，不着急攻占莫斯科，而是调古德里安的装甲师南下先打基辅。
德军的此次调整，实际上也是又一次给了莫斯科时间，让苏联得以从远东调回部队保卫莫斯科。
面对深入敌后的彼得罗夫斯基，朱可夫和铁木辛哥决定让彼得罗夫斯基乘飞机回后方。
但彼得罗夫斯基放弃了回后方的机会，而是带领63军官兵一起突围，要求军官冲在队伍前面。
二战苏联之所以能在如此困难的局面下扭转战局，背后其实就是战场上官兵平等，军官身先士卒冲锋在前，才激发了士兵的斗志，才有了苏联反法西斯战争最后的胜利。我们的人民军队实际上也是学习和借鉴了苏联的军队的作风才取得了胜利。
朱可夫再次建议斯大林，基辅的情况很危险，面临被德军合围的危险，所以再次建议 将基辅的部队撤到第聂伯河东岸。
斯大林认为时间更重要，将德国人拖在基辅，就给整个莫斯科保卫者争取了时间。
在基辅保卫战中，苏军第5、第21、第37、第26集团军大部，第40、第38集团军之一部被歼灭， 65万人被俘。
基辅失陷，标志着莫斯科保卫战第一阶段战役落下帷幕，而之后，德军制定了第二阶段的作战计划-台风
德军的巴巴罗萨战役，实际上的意思就是想通过闪击战，一方面消灭苏联的核心军事力量，二是通过快速占领莫斯科，让苏联跟法国一样，失去抵抗的意志而投降，从而德国就能实际上控制了整个欧洲大陆，再通过高加索向南亚西亚进发。
所以德国兵分三路，北路攻占波罗的海沿岸，目标列宁格勒。中路直捣莫斯科的门户摩尔棱斯克，从而快速兵临莫斯科城下，逼苏联签订城下之盟。
而南路目标是基辅，占领基辅后目标斯大林格勒，占领苏联的重工业区和高加索油田。
一开始德军的重点在中路的突破。但中路大军在波兰和白俄罗斯交界的布列斯特就遭到了苏联守军顽强的抵抗。
布列斯特要塞的死守，导致了德军不得不留下部队攻坚，迟滞了德军向莫斯科的挺进，从而对整个战局都造成了影响，而布列斯特要塞坚守了29天，也极大的鼓舞了苏联军民的士气。
所以在《莫斯科保卫战》中，给与了布列斯特要塞的防守以很大的篇幅，展现红军战士的顽强。在另外一部俄罗斯点一个《兵临城下之决战要塞》电影中，也再现了苏联红军对这个要塞的坚守，感兴趣的朋友可以找来看一看。
德军的中路大军在留下少量部队攻坚布列斯特要塞后，大部队迅速机动穿插，试图包围苏联驻守明斯克地区的整个西部军团。
26～27日，德军2个装甲集群先后进至明斯克近郊，并于28日占领该市。苏联西方面军主力第3、第10集团军的11个师在比亚韦斯托克和明斯克之间新格鲁多克附近地域陷入合围。1941年7月9日，被围苏联红军大部被歼，一部分散突围。据德军战报：此役俘虏苏联红军约32.4万人，缴获坦克3332辆、火炮1809门，此战后德军几乎占领白俄罗斯全境。
占领明斯克，歼灭苏联西方面军主力后，德军装甲集团军向东前进，试图夺取位于明斯克东部的白俄罗斯最后一条防线莫吉廖夫，然后向莫斯科进军。苏军将第20机械化集团军和第61步兵军调往莫吉廖夫地区进行抵御德军作战。第61步兵军下辖罗曼诺夫少将指挥的第172步兵师和赫列别佐夫上校指挥第110步兵师。同时驻守莫吉廖夫的还有第四空降军余部和八个紧急组建起来的民兵营。
影片中展现的就是罗曼诺夫少将指挥的第172步兵师和德军展开的莫吉廖夫争夺战的场景。第13集团军的菲拉托夫中将因指挥部遭到德军空袭而身负重伤被紧急送回莫斯科，但伤重不治身亡。接替指挥权的雷梅左夫中将因指挥部遭到了勃兰登堡特种部队的袭击，在战斗中身中五弹而受伤。
德军在7月11日对莫吉廖夫合围，他们先是派出了强大的空军实施狂轰滥炸，然后坦克部队轮番进攻，逼迫苏军后退，苏军选择了坚守阵地，这就是我们在影片中看到的步兵打坦克的场景。
7月20日，德军开始对莫吉廖夫发动总攻，双方爆发了激烈的巷战，7月23日德军成功突破了苏军在莫吉廖夫东南郊的防御。26日夜里苏军分成三部分突围，第172步兵师在罗曼诺夫少将的指挥下为突围部队断后并最终撤退到了提邵夫卡村附近的丛林中，但突围小组在不久后再一次被德军包围，少将打了两个月游击后于9月22日被德军俘虏，并在41年12月3日被德军杀害。
莫吉廖夫保卫战苏军损失了3.5万名官兵和45辆坦克，127门反坦克炮，33架飞机，765辆马车和2242匹马。而德军据称损失了3765人和44辆坦克。但莫吉廖夫保卫战为莫斯科重新组织防御部署争取到了时间。
随后德军强渡第聂伯河，进军斯摩棱斯克。7月10日，德国军队从波洛茨克、维捷布斯克、罗加乔夫一线装甲集群主力向斯摩棱斯克方向实施钳形攻势，以部分兵力向大卢基方向和罗斯拉夫尔方向实施辅助突击，第9和第2集团军随后跟进。
苏联红军第19、第16、第20集团军在斯摩棱斯克地域陷入德国军队战役合围。苏联红军在西方面军左翼向博布鲁伊斯克方向实施进攻，解放了罗加乔夫市和日洛宾市，并将德国军队第2集团军主力长时间牵制于第聂伯河和别列津纳河之间地带。这就是电影中彼得罗夫斯基强渡第聂伯河，打敌人身后这段故事。
彼得罗夫斯基的这个行动扭转了战场形势，随后苏军开始利用后备军开展反击作战，当时朱可夫和斯大林在关于放弃基辅上发生争执，于是斯大林就派朱可夫到中线组织反击作战。
苏军的反击作战还是取得了一定的效果，形成了两个主要斗争基点：一个在斯摩棱斯克、叶利尼亚地域，另一个在索日河以及第聂伯河和别列津纳河之间地带，最终在红军的反击下，被包围的16,20集团军撤出了包围圈，渡过了第聂伯河，同时逼迫德入防御作战。
1941年8月8日，德国军队第2集团军和坦克第2集群将正面转而向南，对中央方面入进攻。苏联红军被迫向东南和南方向退却。至8月21日前，德国军队第2集团军和坦克第2集群推进120—140公里，进抵戈梅利、斯塔罗杜布一线，并深深楔入苏联红军布良斯克方面军和中央方面军之间，对苏联红军西南方面军翼侧和后方造成了威胁，1941年8月16日，苏联红军西方面军和预备队方面军第24、第43集团军（第24集团军从7月30日起在该方面军编成内）发起进攻，以粉碎德国军队杜霍夫希纳集团和叶利尼亚集团。进攻虽未得到发展，但德国军队在叶利尼亚附近的战斗中遭重创。
苏联红军统帅部决定以积极的行动挫败“中央”集团军群，打破其向南方向对西南方面军后方的进攻。在布良斯克方面军地带内，苏联红军航空兵重创坦克第2集群，但未能打破德国军队向南的进攻。与此同时，在西方面军右翼，德国军队对第22集团军实施了有力的坦克突击，突破了该集团军防御，并于1941年8月29日夺取了托罗佩茨。第22集团军及在其以南防御的第29集团军，被迫退向西德维纳河东岸。1941年9月1日，西方面军第30、第19、第16和第20集团军在斯摩棱斯克附近重新转入进攻。但进攻未得到发展。预备队方面军第24集团军在叶利尼亚地域继续实施进攻行动。这些行动以解放叶利尼亚而告结束。在电影中展现了朱可夫解放叶利尼亚，进入叶利尼亚的场景。
这段胜利对于苏军而言是非常不易的，苏联红军在斯摩棱斯克战役损失了344926人，其中阵亡和失踪214078人，受伤130848人，损失坦克1348辆，大炮9885门，飞机903架。收复叶利尼亚成为斯摩棱斯克战役的亮点，也因为此，苏联授予了参战部队近卫军的称号。参与收复叶利尼亚的第24集团军步兵第100、第127师分别被命名为近卫步兵第1、第2师。
而在德军的西南方向德军南方军群所属的第6集团军和第一装甲集团军属于第一突击梯队，他们的目标是对苏联乌克兰第5集团军和第6集团军的防御阵地结合处实施进攻。而德军第17集团军则沿着苏军乌克兰第6集团军和第26集团军的交接处发起攻击，另一路德军部队则对苏军第26集团军和第18集团军的防御阵地交汇处实施攻击。德军先头部队在巴巴罗萨行动发动的第一时间就突破了苏军的边防阵地，克莱斯勒的装甲集团军在战争爆发几个小时前进了大约50多公里，直抵苏军位于沃伦—利沃夫的第二梯级防御阵地。
驻守这一地区的苏军是第5集团军和第22机械化军的预备队，总共大约有7个步兵师和一个机械化师，三个炮兵团和2个独立轻坦克营。克莱斯勒第一装甲集团军的先锋第14装甲师突入到阵地后方20公里远的地方。但是由于其过于孤军深入，苏军设法重新夺回了阵地，将德军第14装甲师和第一集团军的联系截断。不久德军第11与第16装甲师赶到并对苏军阵地发起了猛烈进攻。6月22日晚上10点，苏军的全部的机械化部队投入了反击。
但苏军反击部队遭遇到了德军的阵地防御。苏军先头部队损失了总共多达68辆坦克。而德军损失了18辆坦克和15门反坦克炮。
之后苏军总参谋部令第15机械化军和第19机械化军脱离战斗重新在布罗迪方向集结，然后汇合第8机械化军重新展开一个钳形攻势，合围德军。前沿已经投入作战的其他几个机械化军在撤退途中遭到了德军的追击，德军装甲部队试图将苏军部队分割包围。而第8机械化军则向霍洛耶夫方向发动了进攻，他们和其他几个机械化军一样，遭遇了德军的反坦克阵地阻击。苏军要求第8机械化军在27日天亮之前完成重整并向布罗迪—杜布诺方向展开钳形攻势，在一天内结束战斗消灭德军。此时第8机械化军只剩下10辆KV-1坦克，34辆T-34坦克，4辆T-28坦克和205辆BT-7坦克了。布罗迪的德国守军松懈怠慢，并且大量坦克被停放在郊区。苏军从杜布诺北部地区实施攻击，配合利亚比雪夫的部队对杜布诺形成了夹击势头。占领杜布诺的德军被迫后撤了大约18公里，并将数十辆没有完成弹药和燃油补充的坦克丢在了杜布诺市郊。随后德军增援部队抵达，并立刻对杜布诺地区的苏军展开了攻击，苏军的弹药储备已经告竭了，部队在撤离的过程中损失了几乎全部的坦克和绝大部分的兵力。这就是电影中表现的杜布诺战役的场景。
杜布诺战役失败后，苏军从西乌克兰退却，在基辅地区与德军产生对峙。1941年7月5日，德军开始进攻，德军以坦克兵团为第一梯队，突破了苏联红军在新米罗波尔以北的防御，傍晚夺占了别尔季切夫。次日。又在沃伦斯基新城以南实施突破，1941年7月9日，夺占了日托米尔。
1941年7月11日，坦克第1集群先遣部队在两昼夜内前进110公里，进抵基辅以西15—20公里的伊尔片河。在这里遭遇到了苏联红军的顽强阻击。
这时中线德军已经拿下斯摩棱斯克，这时希特勒看到苏联红军西南方面军的主力依然强大，于是改变了战略，暂停中路向莫斯科的进军，调古德里安的装甲集团军向南，试图先围歼基辅的苏联大军。
这时才爆发了电影里朱可夫和斯大林的矛盾，朱可夫建议放弃基辅，斯大林要死守基辅。最终朱可夫被免去了参某总长职务。
德军的大包围歼灭战的意图很明显，古德里安的第2装甲兵团军从图比齐夫斯克以西渡过杰斯纳河向南挺进，直插基辅后方的罗姆尼；中央集团军群的第2集团军从戈梅尔向南运动，掩护古德里安的右翼。克莱斯特的第1装甲兵团则从第聂伯河河湾上的克里门巧格向北进攻，与古德里安在罗姆尼附近会合；南方集团军群的第17集团军则负责把苏军牵制在切尔卡赛以北第聂伯河河湾，同时掩护克莱斯特的左翼。与此同时，南方集团军群的第6集团军向东运动，渡过第聂伯河，进攻基辅。
虽然苏军也采取了顽强的抵抗来阻止德军的合围，但最终西南方面军主力4个集团军，即第21（1941年9月6日由布良斯克方面隶西南方面军）、第5、第37、第26集团军，陷入了合围。
自9月16日起，德军以第2集团军和第6集团军为主，对被围之苏军第5、第21、第38、第26等5个集团军发起围歼作战。困守在袋形阵地的苏军拼死抵抗，在无燃料又无弹药的情况下，端起刺刀整营整营地向德军的坦克、大炮和机枪发起多次勇猛攻势，企图突破包围向东撤退。然而在德军坦克的炮击、扫射和碾压下，成千成万地死伤，除少数部队得以逃脱外，大部分投降或被歼灭。
乌克兰保卫战最终苏军仅有2万官兵最后得以突出德军重围。苏联西南方面军共付出70万人伤亡，包括约61.6万人在长达一个月的战役中阵亡、被俘或失踪，苏联4个军（第5军、第37军、第26军及第21军）共43个师被消灭，第40军被严重削弱，这可以讲是人类战争史上最大的装甲部队机动围歼战役。但是却以苏联的失败而落下帷幕。
当然在影片中也展现了这部分内容。从历史上来看，很多人认为如果当时听从朱可夫的建议，放弃基辅，将部队撤到第聂伯河东岸，作为防御莫斯科的后备军，可能结局会不一样。
但是历史也只能假设，也正是因为基辅保卫战，所以希特勒才改变了作战意图，暂停进攻莫斯科，而想全力吃掉基辅的苏联红军主力。但这就让德军至少将进军莫斯科的时间延后了一个多月的时间。而基辅地区的防御作战，也大大的消耗了德军的人员和装备，使得德军不得不进行修整和补充。从而错过了进攻莫斯科的最好的时间，苏军赢得了时间，从而等待德军的不单单是苏联从西伯利亚调来的远东的后备军，还有冬天的严寒。
如果当时按照朱可夫的建议，苏联为了保存实力大踏步的后退，最终很可能重蹈法国覆辙，德军在没有损失的情况下直取莫斯科，莫斯科陷落，也就意味着苏联的抵抗意志会丧失，最终很可能就是法国投降的翻版。所以有些时候战场并不一定仅仅是军事的考量，还应该要考虑政治的考量。
当然也有人会为德军惋惜，如果不顾基辅，直接取莫斯科，可能二战的结果就被颠覆了。但是对于希特勒同样不敢去赌。如果大军直取莫斯科，而苏联西南方面军对自己的大军进行背后包围，自己的形势依然会比较严峻。也会存在不可预知的结果。从这个方面来看，一个国家拥有大的战略纵深，才能在战争中有更多的空间，中国的抗日战争如此，苏联的反法西斯战争同样如此，从这个方面也能理解为什么现在的俄国对于不断东进的北约没办法忍受，因没有了乌克兰，也就从另一方面代表着没有了战略纵深的空间，如果再有二战，一个冲锋首都就沦陷了，也许就变成了法国的再次翻版。
所以历史不容假设，不管是对斯大林也好还是对希特勒也罢。每个人得到的信息是不同的，考虑问题的出发点是不同的，所以做出的决策也是不一样的，如果历史重来，也许结果依然不会改变。